par Marcel LECOMTE

On appelle endophyte un organisme qui accomplit tout ou partie de son cycle de vie à l'intérieur d'une plante.
Il n’est pas question ici de parasitisme, mais bien d’une symbiose (on la qualifie d’endosymbiose), c'est-à-dire avec un bénéfice mutuel pour le végétal et son hôte (il s’agira essentiellement de champignons et parfois de bactéries).
La découverte des endophytes est récente et date seulement de quelques dizaines d’années (le terme a été défini en 1866), mais ils existent depuis très longtemps, et se rencontrent dans quasi toutes les plantes, soit au niveau des parties aériennes (1), soit, et surtout, au niveau des racines (2).

(1) Les endophytes foliaires
Sur le plan économique, beaucoup de plantes fourragères et d'herbacées vivent avec des champignons endophytes, ce qui améliore fortement leur capacité de résistance à la sécheresse, aux attaques des insectes phytophages (pucerons, papillons, charançons), aux nématodes et au broutage des herbivores. C’est le cas d’espèces du genre Festuca (famille des Poacées), utilisées pour le gazon ornemental et les prairies à pâturer, qui sont colonisées par des espèces anamorphes appartenant au genre Neothyphodium, dont les rares téléomorphes connus appartiennent au genre Epichloë.

(2) Les endophytes racinaires
Pour un essai de compréhension, nous les divisons arbitrairement en 3 groupes :
• Les endomycorhizes à mycélium inter- ou intracellulaire ; elle sont arbusculaires (Gloméromycètes), éricoïdes (Ascomycètes), arbutoïdes, monotropoïdes et orchidoïdes ( classées dans les Basidiomycètes).
• Les endophytes stricts (à mycélium externe à la racine).
• Les décomposeurs.

Une chose est certaine : leur présence est très bénéfique pour leur hôte. Ils facilitent notamment l’absorption de l’eau et des nutriments, en plus de lui apporter toute une panoplie d’armes chimiques de défense. Leur étude systématique a déjà permis de mettre en évidence leur haut intérêt pharmaceutique (production de molécules thérapeutiques)**.
Un des plus connus est Piriformospora indica ; il est ubiquiste (il peut coloniser nombre de plantes), mais a surtout la capacité d'augmenter le rendement des récoltes d’espèces cultivées (orge, froment, maïs, tomate) et de générer des barrières chimiques de défense contre des agents pathogènes des racines.

Leur identification s’avère très difficile, surtout qu’une plante peut en héberger plusieurs espèces, tant bactériennes que fongiques. Les scientifiques procèdent de plus en plus souvent par amplification (PCR) et séquençage d'un petit morceau d'ADN, pour tenter de les identifier.

Leur observation se pratique au microscope classique et ne nécessite pas de grossissement important : l’objectif 40x est suffisant.
On peut les mettre en évidence au niveau foliaire, après un traitement à l'éthanol et une coloration au bleu d'aniline. Au niveau des racines, nous proposons un traitement à la potasse et une coloration au bleu coton acétique (nous le pratiquons fréquemment et le résultat s’avère excellent et spectaculaire … voir nos listes d’espèces).

** voir cette adresse : https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01266084/document